Po znalezieniu pierwszych skamieniałości stegozaurów naukowcy sądzili, że wielkie płyty kostne ułożone były na grzbiecie tych zwierząt płasko, jak dachówki (stegosaurus oznacza dosłownie „zadaszony jaszczur). Następnie przypuszczano, że płyty te umieszczone były pionowo w jednym lub dwu naprzeciwległych rzędach. Z dalszych ustaleń wynika jednak, że płyty lewego i prawego szkieletu ustawione były naprzemianlegle. Przez pewien czas panował także pogląd, że stegozaur miał dwa mózgi, jeden mały w czaszce, a drugi znacznie większy u nasady ogona. Jest to jednak przesadne stwierdzenie. Rdzeń kręgowy u nasady ogona był wprawdzie silnie rozszerzony, ale mieściła się tam tylko jakby lokalna dyspozytornia, sterująca odruchami tylnych nóg i ogona.

Można sądzić, że stegozaur ze swoją długością ciała wynoszącą 7 metrów i z wagą dochodzącą do 1,5 tony, był zwierzęciem powolnym i ociężałym.

Stegozaury miały chyba najmniejsze mózgi wśród dinozaurów. Mózg był wielkości orzecha włoskiego, nie miał nawet 5 centymetrów długości. Naukowcy nie mogą do dzisiaj wyjaśnić jak zwierzęta z tak ogromnym ciałem i tak małym mózgiem mogły przetrwać przez okres dziesiątków milionów lat.