Ryby chrzęstnoszkieletowe oddychają za pomocą skrzeli, zlokalizowanych na przegrodach skrzelowych. Ciągły ruch wody wpływającej przez otwór gębowy, omywającej skrzela i wypływającej przez 5-7 par szczelin skrzelowych zaopatruje rybę w tlen rozpuszczony w wodzie. Rekiny aktywnie pływające w toni wodnej wymuszają swoim ruchem przepływ wody przez skrzela. Rekiny żyjące przy dnie wykorzystują do tego celu głównie mięśnie gardzieli; płaszczki zasysają wodę przez tryskawkę – otwór położony na grzbietowej stronie głowy, będący przekształconą szparą skrzelową leżącą pierwotnie między łukiem żuchwowym a gnykowym. Układ pokarmowy rekinów składa się z jamy gębowej, długiej gardzieli, przełyku prowadzącego do żołądka, krótkiego prostego jelita, do którego uchodzą soki trawienne wydzielane przez wątrobę i trzustkę, oraz kloaki, która otwiera się na brzusznej stronie ciała i jest obecna u wielu kręgowców. Do kloaki dostają się nie strawione resztki pokarmu oraz produkty przemiany materii z układu wydalniczego. U samic kloaka jest również końcową częścią układu rozrodczego. Ryby chrzęstnoszkieletowe są rozdzielnopłciowe; zapłodnienie jest zawsze wewnętrzne. U samców przyśrodkowe części płetw brzusznych tworzą narząd kopulacyjny, którym plemniki przekazywane są do kloaki samicy. Zapłodnienie jaj następuje w górnych odcinkach jajowodu. Część jajowodu jest przekształcona w gruczoł wydzielający substancję tworzącą rogową osłonkę jaja.