Łodygi pełnią trzy podstawowe funkcje. Po pierwsze, stanowią podporę dla liści i organów rozmnażania. U większości roślin są pionowo wzniesione, a liście są na nich tak ułożone, by dogodnie mogły absorbować energię świetlną niezbędną do fotosyntezy. Organy rozmnażania są umieszczone w miejscach łatwo dostępnych dla owadów, ptaków, a także dla prądów powietrza, które przenoszą pyłek z kwiatu na kwiat oraz pomagają w rozprzestrzenianiu nasion i owoców. Drugą funkcją łodyg jest zapewnienie transportu wewnętrznego. Łodygi przewodzą wodę wraz z rozpuszczonymi solami mineralnymi z korzeni do liści i innych części rośliny, przewodzą także cukier z liści do korzeni i innych części. Należy jednak pamiętać, że łodygi nie są jedynymi organami uczestniczącymi w przewodzeniu substancji. Układ przewodzący znajduje się we wszystkich częściach rośliny, dzięki czemu przewodzenie zachodzi w korzeniach, łodygach, liściach, a także organach rozmnażania. Trzecią funkcją łodyg jest tworzenie nowych żywych tkanek. Łodygi rosną w ciągu całego życia rośliny, tworzą pąki, które rozwijają się w łodygi z nowymi liśćmi i organami rozmnażania. Prócz głównych funkcji, tj. podporowej, przewodzenia i tworzenia nowych tkanek, łodygi u niektórych gatunków są przekształcone w organy rozmnażania bezpłciowego, a jeśli są zielone, to wytwarzają także cukier w procesie fotosyntezy. Ponadto u niektórych roślin łodygi są wyspecjalizowane w gromadzeniu skrobi.