Dojrzałe nasiona wielu roślin pozostają w stanie spoczynku przez pewien czas, mimo sprzyjających warunków. Czynniki wewnętrzne regulowane genetycznie uniemożliwiają im kiełkowanie nawet w odpowiednich warunkach. Spoczynek wielu nasion jest skutkiem obecności lub braku określonych substancji chemicznych albo twardej łupiny nasiennej. Na przykład w nasionach wielu roślin pustynnych gromadzi się w dużym stężeniu kwas abscysynowy, który hamuje kiełkowanie. Kwas ten zostaje wypłukany tylko przez obfite deszcze, które jednocześnie zapewniają odpowiednie warunki do wzrostu rośliny po wykiełkowaniu. Nasiona innych roślin, np. niektórych motylkowatych, mają wyjątkowo twarde i grube łupiny, które uniemożliwiając przedostawanie się wody i tlenu do zarodków, wymuszają spoczynek. Zniszczenie takiej łupiny przed namoczeniem, co zwie się skaryfikacją, wywołuje kiełkowanie. W naturalnych warunkach skaryfikacja może zachodzić np. w przewodzie pokarmowym zwierząt lub z udziałem bakterii glebowych.