Stegozaur dysponował najmniejszym mózgiem wśród dinozaurów. Może stegozaur był rzeczywiście mało inteligentnym zwierzęciem, ale w jego czasach jakaś szczególna inteligencja nie była chyba do przeżycia aż tak potrzebna. W każdym razie taki mózg był dla niego wystarczająco duży.

Przednie nogi stegozaura były stosunkowo krótkie, tak że jego głowa znajdowała się tuz nad ziemią, co mogło mu ułatwić zjadanie niskich roślin. Nie wiadomo jednak czy nogi miał proste, czy też ugięte. Uważa się, że mógł on wspinać się na tylnych nogach i zrywać liście z wysokich gałęzi.

Dlaczego jednak stegozaur nosił takie płyty na grzbiecie? Do celów obronnych nie były one przydatne, ponieważ nie miały ostrego zakończenia. Nie były nawet przyrośnięte do kręgosłupa lecz wrośnięte w skórę. Najlepszym wyjaśnieniem byłoby stwierdzenie, że służyły do regulowania temperatury ciała. W płytach było dużo kanalików, przez które mogły przypuszczalnie przebiegać naczynia krwionośne. Jeśli stegozaur ustawił się bokiem do słońca, płyty absorbowały ciepło podnosząc tym samym temperaturę ciała. Do ochłodzenia potrzebne było tylko ustawienie się równoległe do wiatru.